水利部南京水利水文自動化研究所（簡稱南水所）位于南京市城南風景秀麗的秦淮河畔，毗鄰江寧高新技術開發區。南水所創建于1940年，前身為中央水利實驗處南京水工儀器實驗室，是我國最早成立的水利水文科學研究機構，建國后更名為“南京水文儀器研究室”，1981年組建南水所，是我國唯一從事水利信息化和水利自動化技術研究的專業研究所。創建73年來，雖歷經多次變遷，但始終堅持水利水文基礎技術研究，始終堅持為水利防災減災、為國家公共安全服務。目前全國水文標準化技術委員會水文儀器分技術委員會、國際水文標準組織TC113秘書處、水利部水文水資源監控工程技術研究中心依托并設在我所，水利部《水利信息化》雜志編輯部設在我所，水利部水文儀器及巖土工程儀器質量檢驗測試中心、國家技術監督局水文儀器及巖土工程儀器生產許可證審查部掛靠在我所。
南水所一直以來承擔著國家和水利部水利水文自動化領域具有基礎性、公益性、關鍵性的重大課題研究，水利防災減災關鍵技術和裝備研究；參與或主持行業政策、法規、規劃、標準的研究、制修訂與宣貫，行業發展規劃的編制；水文儀器、巖土工程儀器、水利水文自動化系統設備的產品研究、檢驗測試、新技術新方法研究；水文計量、測驗標準、方法研究，水利水文（水環境、水生態）監測預報技術研究；承擔水文援外技術支撐及水利信息化人才培訓、水文職工崗位技能培訓，為水利公益事業和國家公共安全提供技術支撐。
南水所通過了ISO9001質量管理體系認證，具有水文與水資源調查評價甲級資質證書，“南水”商標、“NSY”及圖案商標被認定為江蘇省著名商標。南水所將繼續秉承“科學嚴謹，技術先進，品質優良，顧客滿意”的質量方針，發揚“團結創新，求實拼搏”的科研精神，以水利科技創新發展為己任，為我國的水利現代化建設提供科技支撐。